作为中国微生态学会消化界唯一委员单位，南方医院消化科最早在国内开展幽门螺杆菌（Hp）研究，在Hp感染的诊断和治疗方面居于全国前列。于1984在国内最早开展腹泻的菌群分析，是国内唯一能开展多种需氧、厌氧和微需氧细菌培养的临床实验室，可分离鉴定目前已知的主要胃肠致病菌与生态菌，积累了数千例肠道微生态失衡数据，保存了大量致病与生态菌种，建立了幽门螺杆菌菌株库和艰难梭菌菌株库，多次承担卫生部下达的生态制剂的临床验证工作。在长期的临床工作中，对于微生态失衡相关的疾病，如Hp相关的慢性胃炎、胃溃疡及胃癌，各种由感染、抗生素相关、蛋白丢失引起的腹泻，肠道菌群异位引起的器官功能衰竭拥有丰富的诊疗经验和特色的治疗方法。微生物组学结合宏基因组学的肠道微生态研究，已获2014年国家卫计委公益性行业科研专项及2015年国家863项目的支撑。成果获得国家科技进步二等奖1项、军队科技进步二等奖1项，国家科技进步三等奖1项。主编出版了国内第一本《粪便肠道菌群分析》图谱。