南方医科大学（原第一军医大学）内科消化学组始建于50年代，1978年正式设立消化专科。在学科奠基人周殿元教授的倡导和带领下，1955年国内率先引进硬式胃镜，1973年率先开展纤维结肠镜检查。1979年被批准为硕士学位授权点，1986年成为第一军医大学第一个博士学位授权点。1995年经中央军委批准成立全军消化内科研究所，同年批准招收项目博士后。2001年成为国家教育部首批全国重点学科。2010年被评为国家卫生部首批临床重点专科。2014年获批设立南方消化病研究所。2015年入选广东省高水平大学重点建设学科。如今，已成为广东省乃至全国消化界具有广泛影响的优势学科和重点医疗、教学、科研基地。

       作为华南地区乃至全国的优势和特色学科，南方医院消化内科现由临床部、内镜中心、实验研究中心、《现代消化及介入诊疗》杂志编辑部、广东省肝脏病学会等组成，是集临床、科研和教学为一体的综合性学科体系。临床部作为国家药品临床研究基地专业科室，年门诊量近20万人次，展开床位140张，年收治病人近万例；消化内镜中心为全国内镜医师培训基地，占地面积1000平方米，年开展各种内镜诊疗10万余例次；实验研究中心为广东省胃肠疾病重点实验室，占地面积2500平方米，仪器设备先进，可满足分子生物学、免疫学、细胞学、病理学、实验动物等多种实验需求。近年来新增一批省级创新平台，2015年成为广东省胃肠疾病生物医学工程技术研究中心，2017年成为广东省医学内镜工程技术研究中心， 2018年加入微系统医疗器械国家地方联合工程研究中心，作为南方临床研究中心，并组建成立国家胶囊内镜研究中心，2018年获广东省生物医学转化平台，同年获广东省消化系疾病转化医学创新平台。主办的学术刊物《现代消化及介入诊疗》杂志被收录为中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），两次荣获广东省优秀期刊奖。近年荣誉包括：三大权威排行榜均持续稳居前十（中国医院专科声誉排行榜全国第九、中国医学科学院科技量值排行榜全国第七、全国医院互联网影响力排行榜连续四年全国第一），荣获第21届广东省“省级青年文明号”命名，荣获“广东青年五四奖章”集体荣誉。

       科室现有医护技人员208人，其中医师系列73人，医师系列正高职称18人，副高职称者23人，具有博士学位者69人，拥有“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人、国务院政府特殊津贴专家4人、国家卫生健康突出贡献中青年专家3人、获国家优秀青年科学基金1人、珠江学者2人、广东省医学领军人才2人、广东省杰出青年医学人才2人等一大批高层次人才。

       科研力量雄厚，人才培养成效突出。现有博士生导师7人，硕士研究生导师17人，专职研究人员3人。截至2024年，研究所共培养硕士研究生486名（其中在研95名）、博士研究生350名（其中在研51名）、博士后30名（已出站19名，在站11名）。毕业的研究生中很多已成为国内著名专家。具有稳定的科研方向，均处于国内领先水平，从2000年起，共承担国家863课题3项、国家自然科学基金项目76项、国家骨干教师基金项目1项，省部级基金项目(含重点攻关课题)127项，总科研经费13000余万元，发表SCI论文438篇。先后以第一完成单位获国家科技进步二等奖2项，广东省科技进步一等奖6项，军队及省部级二等奖13项，主编出版专著40余部。